善玉菌とは逆に、悪玉菌は強力な酸化酵素を含んでいるものが多く、摂取した動物性脂肪やタンパク質を腐らせ、老化を促進したり、免疫力を低下させてしまいます。ほかにも、発ガン性物質を生産してしまうなど、病気の引き金を引くこともある細菌です。
サルモネラ菌などの悪玉菌は、タンパク質やアミノ酸をアンモニアに分解してしまいます。アンモニアは、尿素になって分解され、尿として体外に排出されますが、100パーセントすべて排出されるわけではなく、腸へ戻る尿素は再びアンモニアニ変わります。腸と肝臓の間で循環してしまうので、肝臓に大きな負担を与えることになります。
悪玉菌が増えている状態だと、その分タンパクパク質、アミノ酸からアンモニアに分解する量が多くなるので､同じく肝臓に負担を与えてしまいます。
悪玉菌は､アミノ酸を腐敗物質である“アミン”に変えます。アミンとは１種類の名前ではなく多種各様あるのですが、そのほとんどは有害で、例えば”ヒスタミン”（アミンの１種）は、じんまん、花粉症、アトピー性皮膚炎の原因として知られています。またヒスタミンはそのまま放置しておくと、ニトロソアミンという強力な発ガン物質になります。
アミンを解毒するのは肝臓の役割ですが、悪玉菌が増え、アンモニアが腸と肝臓で行き来するうちに肝臓の機能が弱まってしまうと、解毒しきれず、人体に悪影響を与えます。
ほかにも高血圧の原因になる“チラミン”など、病気のきっかけになる物質が多く産出されます。
悪玉菌は、動物性脂肪や動物性タンパク質を分解して、有害な物質に変えてしまうほか、胆汁を２次胆汁酸に変えてしまうものもあります。２次胆汁酸は、脂肪の消化吸収をする胆汁とは違い、発ガン促進など、体に害を及ぼすのでたいへん危険な物質です。
悪玉菌の代表として、ウエルシュ菌、プロテウス菌、カンジダ菌などがあげられます。
